杨巍是申时行最重要的政治盟友，故而他一直被朝野批评徇内阁之意行事。在万历十五年的京察时，当时左都御史辛自修打算严格执行京察制度，筛落一批官员。

        但申时行一看不妥，辛自修筛落名单里有不少都是自己的党羽，于是授意杨巍阻止此事。

        经此一事后，杨巍的名声就臭了。

        至于天子对杨巍也不喜欢，在当初立国本的事上，杨巍数度直言进谏，态度比申时行还坚决。

        同时他屡次上谏请求天子重新视朝。这一次终于惹恼天子，天子下旨严斥杨巍沽名。

        杨巍被天子下旨训斥后，也就立即上疏请辞。

        一连数疏后，天子倒是真准奏了，让杨巍回家养老。而杨巍走后，新任吏部尚书就由不是申时行一系的原户部尚书宋纁担任。

        杨巍辞官后，过了数月，左都御史吴时来也是病故。

        吴时来病故前，名声就不好，这要追溯到前年顺天乡试案上，他给申时行的女婿李鸿，王锡爵的儿子王衡开绿灯。所以被言官们批评为依附执政。

        杨巍辞官，吴时来病逝，导致申时行的左膀右臂一下没了。

        虽说申时行紧急保举李世达出任左都御史，稳住了局面，但是吏部尚书的易位，令申时行对于朝廷上人事的把握，不再那么得心应手。

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